Dag Anneke,
De voorkeurinstellingen zijn automatisch opgeslagen, zodra je dat scherm sluit met het kruisje rechtsboven:

Het opslaan van de stamboomgegevens zelf gebeurt door op het floppy-disk icoon te klikken in de icoonbalk (dit icoon is alleen zichtbaar als de stamboomgegevens zijn gewijzigd sinds het opstarten van Aldfaer), of door de menukeuze Bestand | Opslaan (met snelkeuze Ctrl-S).

Dus, je kunt de stamboomgegevens niet opslaan op het moment dat je je voorkeurinstellingen aan het aanpassen bent.
Verder is het verstandig -maar niet noodzakelijk- om de laatste versie van Aldfaer en de rapporten (respectivelijk 10.1 en 10.0.2, zoals TonnyR al schreef) te hebben geïnstalleerd en eventueel de laatste versie van de Invoegtoepassing Bonusrapporten (versie 10.1.3).
Dit is te controleren in de menubalk onder Help | Versiebeheer Aldfaer en daarbinnen op Aldfaer te klikken, of op Aldfaer-rapporten en onder Help | Versiebeheer invoegtoepassingen en daarbinnen Bonusrapporten te kiezen.
Inderdaad is het Aldfaer forum de ideale plaats om alle problemen met het programma aan te kaarten: https://www.aldfaerforum.nl/ Je moet je eerst gratis registreren, maar daarna kun je een vraag stellen. Het is wel verstandig om eerst in het Helpdesk forum te zoeken of jouw vraag al eens eerder is voorbij gekomen, om dubbele vragen te voorkomen (en om sneller ben je oplossing te komen).
Michaël